Najczęściej dzieje się tak z powodu izolacji geograficznej lub izolacji reprodukcyjnej osób w populacji. Gdy gatunki ewoluują i rozgałęziają się, nie mogą już krzyżować się z członkami oryginalnego gatunku.
Mogą wystąpić cztery typy specjacji naturalnej, oparte na izolacji reprodukcyjnej lub geograficznej, między innymi przyczynami i czynnikami środowiskowymi.
Prefiks allo- oznacza „inne”. Sufiks -patric, oznacza „miejsce”. A zatem allopatric jest rodzajem specjacji spowodowanej izolacją geograficzną. Izolowane jednostki znajdują się dosłownie w „innym miejscu”.
Najczęstszym mechanizmem izolacji geograficznej jest faktyczna bariera fizyczna, która dostaje się między członkami populacji. Może to być coś tak małego jak powalone drzewo dla małych organizmów lub tak duże, jak podzielone przez oceany.
Specjacja alopatyczna niekoniecznie oznacza, że dwie odrębne populacje nie mogą początkowo oddziaływać ani nawet rozmnażać się. Jeśli uda się pokonać barierę powodującą izolację geograficzną, niektórzy członkowie różnych populacji mogą podróżować tam iz powrotem. Ale większość populacji pozostanie odizolowana od siebie, w wyniku czego rozdzieli się na różne gatunki.
Prefiks okres oznacza „blisko”. Po dodaniu do sufiksu -patric, to znaczy „blisko miejsca”. Specjacja obwodowa jest w rzeczywistości specjalnym typem specjacji allopatycznej. Nadal istnieje pewna izolacja geograficzna, ale istnieje też pewien przypadek, który powoduje, że bardzo niewiele osobników przeżywa w odizolowanej populacji w porównaniu ze specjacją alopatyczną.
W specjacji peryferyjnej może to być skrajny przypadek izolacji geograficznej, w której izolowanych jest tylko kilka osobników, lub może wynikać nie tylko z izolacji geograficznej, ale także z jakiejś katastrofy, która zabija wszystkich oprócz kilku odizolowanych populacja. Przy tak małej puli genów rzadkie geny są przekazywane częściej, co powoduje dryf genetyczny. Izolowane osobniki szybko stają się niekompatybilne ze swoimi dawnymi gatunkami i stają się nowym gatunkiem.
Sufiks -patric nadal oznacza „miejsce” i kiedy prefiks para-, lub „obok”, oznacza, że tym razem populacje nie są izolowane fizyczną barierą i są „obok” siebie.
Mimo że nic nie powstrzymuje osobników w całej populacji przed mieszaniem i łączeniem się w pary, nadal nie dzieje się tak w przypadku specjacji parapatrycznej. Z jakiegoś powodu osoby w populacji łączą się tylko z osobami w ich bezpośrednim obszarze.
Niektóre czynniki, które mogą wpływać na specjację parapatryczną, obejmują zanieczyszczenie lub niezdolność do rozprzestrzeniania nasion dla roślin. Aby jednak można było ją zaklasyfikować jako specjację parapatryczną, populacja musi być ciągła, bez barier fizycznych. Jeśli występują jakiekolwiek bariery fizyczne, należy je zaklasyfikować jako izolację obwodową lub allopatyczną.
Ostateczny typ nazywa się specjacją sympatryczną. Prefiks sym-, co oznacza „to samo” z sufiksem -patric, co oznacza, że „miejsce” stanowi wskazówkę co do znaczenia tego rodzaju specjacji: osobnikami w populacji są w ogóle nie rozdzielone i wszyscy żyją w „tym samym miejscu”. Jak więc populacje się różnią, jeśli żyją w tym samym miejscu przestrzeń?
Najczęstszą przyczyną specjacji współczulnej jest izolacja reprodukcyjna. Izolacja reprodukcyjna może wynikać z tego, że osobniki przychodzą w różnych okresach godowych o różnych porach lub w zależności od tego, gdzie znaleźć partnera. U wielu gatunków wybór partnera może opierać się na ich wychowaniu. Wiele gatunków powraca do miejsca, w którym się urodziło, aby się kojarzyć. Dlatego byliby w stanie kojarzyć się tylko z innymi, którzy urodzili się w tym samym miejscu, bez względu na to, gdzie się przemieszczają i mieszkają jako dorośli.
Innymi przyczynami mogą być różne populacje uzależnione od różnych potrzeb środowiska, takich jak źródła żywności lub schronienie.