Jeśli chodzi o zapis kopalny, Nowy Jork zwrócił uwagę na koniec: Empire State jest bogaty w małe, żyjące w morzu bezkręgowce pochodzące z wczesnych lat Era paleozoiczna, setki milionów lat temu, ale daje wirtualną pustkę, jeśli chodzi o dinozaury i ssaki megafauny. (Można winić względny brak osadów zgromadzonych w Nowym Jorku w trakcie Mezozoik i era kenozoiczna Ery.) Nie oznacza to jednak, że Nowy Jork był całkowicie pozbawiony życia prehistorycznego, a niektóre godne uwagi przykłady można znaleźć na poniższych slajdach. (Zobacz lista dinozaurów i prehistorycznych zwierząt odkrytych w każdym stanie USA.)
Nieco ponad 400 milionów lat temu, podczas Sylurski okres, większość Ameryki Północnej, w tym stan Nowy Jork, była zanurzona pod wodą. Eurypterus, oficjalna stanowa skamielina stanu Nowy Jork, była rodzajem bezkręgowca morskiego znanego jako skorpion morski i przed ewolucją jednego z najstraszniejszych podmorskich drapieżników rekiny prehistoryczne i gigant gady morskie. Niektóre okazy Eurypterusa urosły do prawie czterech stóp długości, przyćmiewając prymitywne ryby i bezkręgowce, na których żerowały.
Nie jest to znany fakt, ale różnorodny ślady dinozaurów zostały odkryte w pobliżu miasta Blauvelt, w nowojorskim hrabstwie Rockland (niedaleko od Nowego Jorku). Te utwory pochodzą z późnych godzin Triasowy okres, około 200 milionów lat temu, i zawierają kuszące dowody na wędrujące paczki Celofyz (dinozaur najlepiej znany z występowania w odległym Nowym Meksyku). W oczekiwaniu na rozstrzygające dowody, że te ślady stóp zostały naprawdę określone przez celofizę, paleontolodzy wolą przypisywać je „ichnogenusowi” zwanemu Grallator.
W 1866 r., Podczas budowy młyna w stanie Nowy Jork, pracownicy odkryli prawie kompletne pozostałości pięciotonowej American Mastodon. „Cohoes Mastodon”, jak się stało, świadczy o tym, że ci olbrzymy prehistoryczne słonie wędrował po Nowym Jorku w gromadnych stadach, jeszcze 50 000 lat temu (niewątpliwie u boku ich bliskiego współczesnego plejstocen epoka Włochaty mamut).
Podobnie jak wiele innych stanów we wschodnich Stanach Zjednoczonych, Nowy Jork był stosunkowo zimny, mówiąc geologicznie, aż do późnej epoki plejstocenu - kiedy przemierzały go różnego rodzaju ssaki megafauny, od Mamutów i Mastodonów (patrz poprzednie slajdy) do tak egzotycznych rodzajów, jak Gigantyczny niedźwiedź o krótkiej twarzy i Gigantyczny bóbr. Niestety, większość tych dużych ssaków wyginęła pod koniec ostatniej epoki lodowcowej, ulegając kombinacji ludzkich drapieżników i zmian klimatu.