Postulowano to na podstawie znalezisk archeologicznych hominid działalność w Japonii może datować się już na 200 000 PNE. kiedy wyspy zostały połączone z kontynentem azjatyckim. Chociaż niektórzy uczeni wątpią w tę wczesną datę zamieszkania, większość zgadza się, że do około 40 000 lat p.n.e. zlodowacenie połączyło wyspy z lądem stałym.
Zaludnianie ziemi japońskiej
Na podstawie dowodów archeologicznych zgadzają się również, że między 35 000 a 30 000 lat p.n.e. Homo sapiens wyemigrował na wyspy ze wschodniej i południowo-wschodniej Azji i miał ugruntowane wzorce łowiectwa i zbierania kamieni oraz wyrobu narzędzi kamiennych. Kamienne narzędzia, miejsca zamieszkania i ludzkie skamieliny z tego okresu znaleziono na wszystkich wyspach Japonii.
Okres Jomona
Bardziej stabilne wzorce życia dały początek o około 10 000 lat p.n.e. do neolityczny lub, jak twierdzą niektórzy uczeni, Mezolit kultura. Prawdopodobnie odlegli przodkowie tubylczego ludu Ainu we współczesnej Japonii, członkowie heterogenicznej kultury Jomon (ok. 10 000-300 lat p.n.e.) pozostawił najczystszy zapis archeologiczny. W 3000 r.p.n.e. Jomonowie robili gliniane figurki i naczynia udekorowane wzorami wykonanymi przez imponowanie mokra glina z plecionym lub nieosłoniętym sznurkiem i patykami (Jomon oznacza „wzory plecionego sznurka”) z rosnącym sofistyka. Ci ludzie używali także rozdrobnionych narzędzi kamiennych, pułapek i łuków, byli myśliwymi, zbieraczami i zręcznymi rybakami przybrzeżnymi i głębinowymi. Uprawiali podstawową formę rolnictwa i żyli w jaskiniach, a później w grupach tymczasowych płytkie mieszkania dołkowe lub domy naziemne, pozostawiając bogate kuchnie dla nowoczesnych badań antropologicznych.
Pod koniec okresu Jomona, zgodnie z badaniami archeologicznymi, nastąpiła dramatyczna zmiana. Początkowa uprawa przekształciła się w wyrafinowaną hodowlę ryżu niełuskanego i kontrolę rządu. Wiele innych elementów kultury japońskiej również może pochodzić z tego okresu i odzwierciedlać mieszaną migrację z kontynentu północnoazjatyckiego i południowego Pacyfiku. Należą do nich mitologia sintoistyczna, zwyczaje małżeńskie, style architektoniczne i osiągnięcia technologiczne, takie jak wyroby lakiernicze, tekstylia, obróbka metali i produkcja szkła.
Okres Yayoi
Kolejny okres kulturowy, Yayoi (nazwany od części Tokio, w której prowadzone są badania archeologiczne odkrył swoje ślady) rozkwitł między około 300 p.n.e. i 250 n.e. od południowego Kiusiu do północy Honsiu. Najwcześniejsi z tych ludzi, którzy, jak się uważa, wyemigrowali z Korei do północnego Kiusiu i zmieszali się z Jomonem, również używali odłamanych narzędzi kamiennych. Mimo że garncarstwo Yayoi było bardziej zaawansowane technologicznie, było ono po prostu udekorowane niż wyroby Jomona.
Yayoi wykonali brązowe, niefunkcjonalne dzwony, lustra i broń, a do pierwszego wieku naszej ery żelazne narzędzia rolnicze i broń. Gdy liczba ludności rosła, a społeczeństwo stawało się coraz bardziej złożone, tkali tkaniny, budowali stałe wioski rolnicze budynki z drewna i kamienia, nagromadziły bogactwo poprzez własność ziemi i magazynowanie zboża, i rozwinęły odrębne społeczeństwo zajęcia Ich nawadniana kultura mokrego ryżu była podobna do kultury środkowych i południowych Chin, wymagając dużych nakładów ludzkiej pracy, co doprowadziło do rozwoju i ostatecznego rozwoju wysoce siedzącego, agrarnego społeczeństwa.
W przeciwieństwie do Chin, które musiały podjąć masowe roboty publiczne i projekty kontroli wody, co doprowadziło do wysoce scentralizowanego rządu, Japonia miała obfite zasoby wody. Zatem w Japonii lokalne wydarzenia polityczne i społeczne były stosunkowo ważniejsze niż działania władz centralnych i rozwarstwionego społeczeństwa.
Najwcześniejsze pisemne wzmianki o Japonii pochodzą ze źródeł chińskich z tego okresu. Wa (japońska wymowa wczesnej chińskiej nazwy dla Japonii) została po raz pierwszy wspomniana w 57 r. Wcześni historycy chińscy opisali Wa jako kraj setek rozproszonych społeczności plemiennych, a nie zjednoczona ziemia z 700-letnią tradycją określoną w Nihongi, która stanowi fundament Japonii 660 p.n.e.
Chińskie źródła z III wieku donosiły, że ludzie Wa żyli na surowych warzywach, ryżu i rybach podawanych na bambusowych i drewnianych tacach, mieli stosunki wasal-mistrz, pobierali podatki, mieli prowincjonalne spichlerze i rynki, klaskały w dłonie (coś wciąż robiono w świątyniach Shinto), toczyły gwałtowne walki o sukcesję, budowały ziemne kopce grobów i obserwowały żałoba. Himiko, władczyni wczesnej federacji politycznej znanej jako Yamatai, rozkwitła w trzecim wieku. Podczas gdy Himiko panowała jako duchowy przywódca, jej młodszy brat zajmował się sprawami państwa, w tym stosunkami dyplomatycznymi z dworem chińskiej dynastii Wei (220–65 n.e.).