Najwcześniejszy kontakt między oboma krajami odbywał się za pośrednictwem kupców i odkrywców. Później w połowie XIX wieku kilku przedstawicieli USA udało się do Japonii, aby negocjować umowy handlowe, w tym Commodore Matthew Perry w 1852 roku, który wynegocjował pierwszy traktat handlowy i Konwencja Kanagawa. Podobnie japońska delegacja przybyła do USA w 1860 r. W nadziei na wzmocnienie stosunków dyplomatycznych i handlowych między oboma krajami.
II wojna światowa widziały kraje rywalizujące ze sobą po tym, jak Japończycy zbombardowali amerykańską bazę morską w Pearl Harbor na Hawajach w 1941 roku. Wojna zakończyła się w 1945 r. Po tym, jak Japonia ucierpiała z powodu ogromnych przyczyn bombardowanie atomowe Hiroszimy i Nagasaki oraz bombardowanie Tokio.
14 sierpnia 1945 r. Japonia poddała się, prowadząc do okupacji przez zwycięskie siły alianckie. Po przejęciu kontroli nad Japonią prezydent USA Harry Truman mianowany generałem Douglas MacArthur jako najwyższy dowódca sił sprzymierzonych w Japonii. Siły alianckie pracowały nad odbudową Japonii, a także umocnieniem politycznej legitymizacji, publicznie stojąc po stronie cesarza Hirohito. To pozwoliło
MacArthur pracować w systemie politycznym. Do końca 1945 r. Około 350 000 żołnierzy amerykańskich pracowało w Japonii nad różnorodnymi projektami.Pod kontrolą Aliantów Japonia dokonała niezwykłej transformacji charakteryzującej się nowa konstytucja Japonii który podkreślał zasady demokracji, reformę edukacyjną i gospodarczą oraz demilitaryzację, która została osadzona w nowej japońskiej konstytucji. W trakcie reform MacArthur stopniowo przeniósł kontrolę polityczną na Japonię, czego zwieńczeniem był traktat z San Francisco z 1952 r., Który oficjalnie zakończył okupację. Ramy te były początkiem bliskiej relacji między oboma krajami, która trwa do dziś.
Okres po traktacie z San Francisco charakteryzował się ścisłą współpracą między obiema stronami kraje, w których 47 000 żołnierzy amerykańskich pozostaje w Japonii na zaproszenie Japończyków rząd. Współpraca gospodarcza odgrywała również dużą rolę w stosunkach z USA, zapewniając Japonii znaczne kwoty pomocy w okresie powojennym, ponieważ Japonia stała się sojusznikiem w Zimna wojna. Partnerstwo doprowadziło do ponownego pojawienia się japońskiej gospodarki, która pozostaje jedną z najsilniejszych gospodarek w regionie.