Wśród wielu wyborów te pięć plam jest najczęstszych, zaczynając od bromku etydyny, który jest najczęściej stosowany. Podczas pracy z tym procesem ważne jest, aby nie tylko znać różnice między plamami, ale nieodłączne zagrożenia dla zdrowia.
Bromek etydyny jest prawdopodobnie najbardziej znanym barwnikiem stosowanym do wizualizacji DNA. Można go stosować w mieszaninie żelowej, buforze do elektroforezy lub do barwienia żelu po jego uruchomieniu.
Cząsteczki barwnika przylegają do nici DNA i fluoryzują w świetle UV, pokazując dokładnie, gdzie pasma znajdują się w żelu. Wadą tego rozwiązania jest to, że bromek etydyny jest potencjalnym czynnikiem rakotwórczym, dlatego należy się z nim obchodzić z dużą ostrożnością.
Barwnik SYBR Gold można stosować do barwienia dwuniciowego lub jednoniciowego DNA lub do barwienia RNA. SYBR Gold trafiło na rynek jako jedna z pierwszych alternatyw dla bromku etydyny i jest uważane za bardziej wrażliwe.
Ponieważ fluorescencja niezwiązanej cząsteczki jest tak niska, odbarwianie nie jest wymagane. Posiadacze licencji Molecular Probes opracowali i wprowadzili na rynek SYBR Safe i SYBR Green, które są bezpieczniejszą alternatywą dla bromku etydyny.
Plamy SYBR Green I i II (ponownie sprzedawane przez Molecular Probes) są zoptymalizowane do różnych celów. Ponieważ wiążą się z DNA, nadal są uważane za potencjalne mutageny i dlatego należy się z nimi obchodzić ostrożnie.
SYBR Green I to więcej wrażliwy do stosowania z dwuniciowym DNA, podczas gdy SYBR Green II, z drugiej strony, jest Najlepsza do użytku z jednoniciowym DNA lub RNA. Podobnie jak popularna plama z bromku etydyny, te bardzo wrażliwe plamy fluoryzują w świetle UV.
Zarówno SYBR Green I, jak i II są zalecane przez producenta do stosowania z „oświetleniem epi-iluminacyjnym 254 nm Polaroid 667 czarny i biały film i filtr fotograficzny do barwienia żelu SYBR Green ”w celu osiągnięcia detekcji 100 pg RNA lub jednoniciowego DNA na zespół muzyczny.
SYBR Safe został zaprojektowany jako bezpieczniejsza alternatywa dla bromku etydyny i innych barwników SYBR. Nie jest uważany za odpad niebezpieczny i może być ogólnie usuwany przez zwykłe systemy kanalizacyjne (tj. Do kanalizacji), ponieważ testy toksyczności wskazują, że nie ma ostrej toksyczności.
Testowanie również wskazuje genotoksyczność jest niewielka lub nie występuje na komórkach zarodka chomika syryjskiego (SHE), ludzkich limfocytach, mysich komórkach chłoniaka lub odnotowano w teście AMES. Barwnik można stosować z transiluminatorem niebieskiego światła, który powoduje mniejsze uszkodzenie wizualizowanego DNA i oferuje lepszą wydajność do późniejszego klonowania.
Jest to również dobry wybór, jeśli używasz żeli o niskiej temperaturze topnienia do odzyskiwania DNA. Jest bardzo stabilny w wysokich temperaturach i sam ma bardzo niską fluorescencję, ale wykazuje wysoką fluorescencję po związaniu z DNA. Wykazano również, że Eva Green ma bardzo niską cytotoksyczność lub jej brak mutagenność.