Wiele związków oczyszcza się przez krystalizację z wodnego roztworu. Kryształ wyklucza wiele zanieczyszczeń, jednak woda może zmieścić się w krystalicznej sieci bez chemicznego wiązania z kationem związku. Zastosowanie ciepła może odpędzić tę wodę, ale proces zwykle uszkadza strukturę krystaliczną. To dobrze, jeśli celem jest uzyskanie czystego związku. Może to być niepożądane przy hodowaniu kryształów do krystalografii lub do innych celów.
Czasami te dwie formy są łączone. Na przykład [Cu (H2O)4]WIĘC4· H2O można opisać wodą krystalizacyjną siarczanu miedzi (II).
Woda jest małą polarną cząsteczką, która łatwo wchodzi w skład sieci krystalicznej, ale nie jest jedynym rozpuszczalnikiem występującym w kryształach. W rzeczywistości większość rozpuszczalników pozostaje w większym lub mniejszym stopniu w krysztale. Typowym przykładem jest benzen. Aby zminimalizować działanie rozpuszczalnika, chemicy zazwyczaj próbują usunąć jak najwięcej przy użyciu ekstrakcji próżniowej i mogą ogrzać próbkę w celu usunięcia resztkowego rozpuszczalnika. Krystalografia rentgenowska często wykrywa rozpuszczalnik w krysztale.