W niektórych regionach, takich jak południowe Indie, królestwa hinduistyczne utrzymywały, a nawet odpierały muzułmańską falę. Subkontynent musiał także stawić czoła najazdom słynnych zdobywców Azji Środkowej Czyngis-chan, który nie był muzułmaninem, i Timur lub Tamerlan, który był.
Okres ten był prekursorem ery Mogołów (1526–1857). The Imperium Mogołów został założony przez Babura, muzułmańskiego księcia pochodzącego z Uzbekistanu. Szczególnie pod późniejszymi Mogołami Akbar the Greatmuzułmańscy cesarze i ich hinduscy poddani osiągnęli bezprecedensowe zrozumienie i stworzyli piękne i kwitnące wielokulturowe, wieloetniczne i zróżnicowane religijnie państwo.
W 1206 roku były Mamluk niewolnik o imieniu Qutbubuddin Aibak podbił północne Indie i założył królestwo. Nazwał się sułtanem Delhi. Aibak był środkowoazjatyckim mówcą, podobnie jak założyciele trzech kolejnych czterech sułtanatów z Delhi. Pięć dynastii muzułmańskich sułtanów rządziło znaczną częścią północnych Indii do 1526 r., Kiedy to Babur zmiotł z Afganistanu i założył dynastię Mogołów.
W 1221 r. Sułtan Jalal ad-Din Mingburnu opuścił swoją stolicę w Samarkandzie w Uzbekistanie. Jego imperium Khwarezmidów padło pod naporem armii Czyngis-chana, a jego ojciec został zabity, więc nowy sułtan uciekł na południe i wschód do Indii. Nad rzeką Indus w dzisiejszym Pakistanie Mongołowie złapali Mingburnu i jego 50 000 pozostałych żołnierzy. Armia mongolska liczyła zaledwie 30 000 osób, ale przyparła Persów do brzegu rzeki i zdziesiątkowała ich. Być może łatwo współczuć sułtanowi, ale decyzja jego ojca o zamordowaniu wysłanników mongolskich była natychmiastową iskrą, która wyruszyć na podbój Mongołów Azji Środkowej i nie tylko.
Dynastia Chola w południowych Indiach miała jeden z najdłuższych okresów w historii ludzkości. Założony jakiś czas w latach 300. p.n.e. trwał do 1250 roku n.e. Nie ma zapisu ani jednej decydującej bitwy; raczej sąsiednie imperium pandyjskie po prostu urosło w siłę i wpływy do tego stopnia, że przyćmiło i stopniowo wygasło starożytne państwo Chola. Te królestwa hinduskie były wystarczająco daleko na południe, aby uciec wpływom muzułmańskich zdobywców przybywających z Azji Środkowej.
W 1290 r. Upadła dynastia Mameluków w Delhi, a dynastia Khilji powstała na jej miejscu, aby stać się drugą z pięciu rodzin rządzących Sułtanatem Delhi. Dynastia Khilji utrzymywałaby władzę dopiero do 1320 roku.
Podczas ich krótkiego, 30-letniego panowania, dynastia Khilji skutecznie odeparła szereg najazdów z imperium mongolskiego. Ostateczną, decydującą bitwą, która zakończyła próby podboju Indii przez Mongołów, była bitwa pod Jalandhar 1298, w którym armia Chilji zamordowała około 20 000 Mongołów i wypędziła ocalałych z Indii na dobrze.
W 1320 r. Nowa rodzina mieszanej krwi tureckiej i indyjskiej przejęła kontrolę nad Sułtanatem Delhi, rozpoczynając okres dynastii Tughlaq. Założona przez Ghazi Malika, dynastia Tughlaq rozszerzyła się na południe przez płaskowyż Dekanu i po raz pierwszy podbiła większość południowych Indii. Te korzyści terytorialne nie trwały jednak długo. Do 1335 r. Sułtanat w Delhi skurczył się z powrotem do swojego zwyczajowego obszaru w północnych Indiach.
Co ciekawe, słynny marokański podróżnik Ibn Battuta służył jako qadi lub sędzia islamski w sądzie Ghazi Malik, który objął tron Ghyasuddin Tughlaq. Nie był pod wrażeniem nowego władcy Indii, potępiając różne tortury stosowane przeciwko ludzie, którzy nie płacili podatków, w tym odrywając oczy lub rozlewając stopiony ołów gardła Ibn Battuta był szczególnie przerażony, że te okropności zostały popełnione zarówno przeciwko muzułmanom, jak i niewiernym.
Gdy moc Tughlaq szybko osłabła w południowych Indiach, nowe imperium hinduskie rzuciło się, by wypełnić próżnię mocy. Imperium Vijayanagara będzie panować przez ponad trzysta lat od Karnataki. Przyniósł bezprecedensową jedność południowym Indiom, opartą głównie na hinduskiej solidarności w obliczu postrzeganego muzułmańskiego zagrożenia na północy.
Chociaż Vijayanagara byli w stanie zjednoczyć większość południowych Indii, wkrótce utracili żyzny płaskowyż Dekanu, który ciągnie się przez talię subkontynentu do nowego sułtanatu muzułmańskiego. Sułtanat Bahmani został założony przez tureckiego rebelianta przeciwko Tughlaqsowi zwanemu Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Oderwał Dekan od Vijayanagary, a jego sułtanat pozostał silny przez ponad sto lat. Jednak w latach 80. XVIII wieku Sułtanat Bahmani gwałtownie upadł. Do 1512 r. Oderwało się pięć mniejszych sułtanatów. Piętnaście lat później centralne państwo Bahmani zniknęło. W niezliczonych bitwach i potyczkach małym państwom-następcom udało się powstrzymać całkowitą porażkę Imperium Vijayanagar. Jednak w 1686 r. Bezwzględny cesarz Aurengzeb z Mogołów podbił ostatnie pozostałości sułtanatu Bahmani.
Sułtanat Madurai, znany również jako Sułtanat Ma'bar, był kolejnym regionem rządzonym przez Turków, który uwolnił się od Sułtanatu Delhi. Sułtanat Madurai, znajdujący się daleko na południe w Tamil Nadu, trwał zaledwie 48 lat, zanim został podbity przez Królestwo Vijayanagara.
Czternasty wiek zachodniego kalendarza zakończył się krwią i chaosem dla dynastii Tughlaq z Sułtanatu Delhi. Żądny krwi zdobywca Timur, znany również jako Tamerlan, najechał północne Indie i zaczął podbijać miasta Tughlaqs jeden po drugim. Mieszkańcy zniszczonych miast zostali zmasakrowani, a ich odcięte głowy ułożone w piramidy. W grudniu 1398 r. Timur wziął Delhi, plądrując miasto i zabijając jego mieszkańców. Tughlaqowie utrzymywali władzę do 1414 roku, ale ich stolica nie odzyskała siły po terrorze w Timurze przez ponad sto lat.