Termin nisza, gdy jest stosowany w biologii ekologicznej, służy do określenia roli organizmu w ekosystemie. Jego nisza obejmuje nie tylko środowisko, w którym żyje dany organizm, ale obejmuje także „pracę” organizmu w tym środowisku. Nisza może również obejmować to, co organizm je, jak wchodzi w interakcje z innymi żyjącymi (biotycznymi) elementami, a także, jak wchodzi w interakcje z nieożywionymi (abiotycznymi) aspektami środowiska.
Fundamentalna nisza vs. Zrealizowana nisza
Wszystkie żywe organizmy mają tzw podstawowa nisza. Podstawowa nisza obejmuje wszystkie możliwości otwarte dla organizmu w tym środowisku: wszystkie możliwe źródła jedzenie, wszystkie otwarte role behawioralne w środowisku i wszystkie dostępne dla niego odpowiednie siedliska. Na przykład czarny niedźwiedź (Ursa americanus) jest szeroko rozpowszechniony, nienasycony gatunki, które mają znaczną niszę podstawową, ponieważ mogą jeść mięso, a także szeroki zakres roślinności, i mogą rozwijać się w nizinnych lasach, a także na obszarach trawiastych gór. Rozwija się w głębokiej dziczy, ale jest również wysoce przystosowalny do obszarów w pobliżu osadnictwa ludzkiego.
W rzeczywistości jednak organizm nie może jednocześnie korzystać ze wszystkich odpowiednich zasobów w środowisku. Zamiast tego organizm będzie miał węższy zakres pokarmów, ról i siedlisk, z których korzysta. Ta bardziej specyficzna rola nazywana jest organizmem zrealizowana nisza. Na przykład okoliczności lub konkurencja mogą zredukować niszę niedźwiedzia czarnego do takiego, w którym pokarmy składają się wyłącznie z jagód i padliny, a schronienie ogranicza się do ziemnych nor. Zamiast myśliwego jego niszą może stać się przeglądarka.
Relacje z innymi organizmami
W grę wchodzą również relacje symbiotyczne, które określają niszę organizmu. Drapieżniki znajdujące się w okolicy mogą ograniczyć niszę organizmu, a zwłaszcza miejsce, w którym może znaleźć bezpieczeństwo i schronienie. Konkurenci ograniczą także źródła żywności i inne składniki odżywcze, aby mogli oni również wpływać na miejsce zamieszkania organizmu. Na przykład czarny niedźwiedź i niedźwiedź brunatny (Ursus arctos) pokrywają się na większej części swoich zasięgów, a tam, gdzie to nastąpi, silniejszy niedźwiedź brunatny będzie na ogół wybierał schronienie i zwierzynę, ograniczając niszę dostępną dla czarnego niedźwiedzia.
Nie wszystkie relacje są konkurencyjne. Organizm może również poszukiwać innych gatunków, które mają pozytywne wyniki interakcje z określeniem swojej niszy. Komensalizm i mutualizm z innymi gatunkami w okolicy może ułatwić życie organizmowi. Komensalizm to związek, w którym jeden gatunek odnosi korzyści, podczas gdy drugi pozostaje nienaruszony; mutualizm jest stosunkiem, w którym oba gatunki korzystają. Czarny niedźwiedź, który uczy się karmić obfitością szopów zabitych wzdłuż autostrady, uprawia komensalizm; niedźwiedź, który pożera duże ilości jeżyn, a następnie „sadzi” nowe jagody, rozprowadzając je przez swoje złogi, ćwiczy mutualizm.
Relacje z czynnikami nieożywionymi (abiotycznymi)
Czynniki abiotyczne, takie jak dostępność wody, klimat, pogoda - a w przypadku roślin, rodzajów gleby i ilości światła słonecznego - może również zawęzić podstawową niszę organizmu do zrealizowanej niszy. Na przykład w obliczu przedłużającej się suszy leśnej nasz czarny niedźwiedź może uznać swoją niszę na nowo za uprzywilejowaną rośliny maleją, gatunki łowne stają się coraz rzadsze, a niedobory wody zmuszają ją do szukania schronienia w innych miejscach.
W pewnym stopniu organizm może przystosować się do swojego środowiska, ale jego podstawowe potrzeby muszą zostać najpierw zaspokojone, aby mógł stworzyć niszę.